دانشگاه اردکان با موافقت شورای گسترش آموزش عالی در جلسه مورخ ۱۳۸۸/۰۳/۰۹ با عنوان مرکز آموزش عالی اردکان تأسیس و در نیمسال اول سال تحصیلی ۸۹-۱۳۸۸ با پذیرش دانشجو در دو رشته روانشناسی عمومی و راهنمایی و مشاوره در مقطع کارشناسی رسماً آغاز به کار نمود. سپس در تاریخ ۱۳۸۹/۱۰/۱۸ بر اساس مصوبه شورای گسترش با ادغام دانشکده منابع طبیعی دانشگاه یزد در مرکز آموزش عالی اردکان، این مرکز به مجتمع آموزش عالی اردکان ارتقاء یافت و در نهایت در جلسه ۱۳۹۱/۱۲/۱۲ شورای گسترش آموزش عالی به دانشگاه اردکان ارتقاء یافت. در حال حاضر حدود ۲۵۰۰ دانشجو در مقاطع کاردانی، کارشناسی ناپیوسته، کارشناسی و کارشناسی ارشد در دانشکدههای زیر مشغول به تحصیل میباشند:
• دانشکده علوم انسانی و اجتماعی • دانشکده فنی و مهندسی • دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی • آموزشکده پیرادامپزشکی